De bouw van de hogesnelheidslijn gaat ten zuiden van het Hollandsch Diep, tussen de verkeersknooppunten Klaverpolder en Galder, gepaard met een verbreding van rijksweg A16. Ter hoogte van Breda leidt dit, vooral in logistiek opzicht, tot een uiterst gecompliceerd en ingrijpend project.
Het ontwerp en de bouw van de laatste vijftien kilometer van HSL-Zuid, tussen Prinsenbeek en de Belgische grens, is - met de verbreding van de A16 - in handen van HSL-Combinatie Brabant Zuid. HBG Civiel en Ballast Ham Nederland participeren in deze combinatie, maar houden zich uitsluitend bezig met het grond- en wegenwerk.
De aanpak van de A16 behelst niet zomaar een verbreding. De weg wordt vanaf Prinsenbeek tot aan knooppunt Galder in westelijke richting verplaatst. Bij dit verkeersknooppunt kruist HSL-Zuid de rijksweg via een verdiept gelegen tunnelbak. Bij Princeville wordt een volledig nieuw knooppunt gebouwd voor de aansluiting van de A58 richting Roozendaal. De bouw van de diverse fly-overs vraagt om tal van tijdelijke omleidingsroutes.
In mei 2004 dient de onderbaan van HSL-Zuid gereed te zijn. Twee jaar later is ook de A16 in zijn nieuwe vorm afgerond.